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Databiomics® / Publicações

Publicações científicas

Trabalhos em Bioinformática, Genômica, Microbioma, Biotecnologia, Parasitologia, Saúde e aplicações computacionais às Ciências da Vida.

As imagens temáticas associadas aos trabalhos são mantidas para apresentação visual. Quando forem artes editoriais, não representam necessariamente figuras originais dos artigos.
Ilustração temática sobre FAALPred, proteínas e predição de especificidade de substrato
Protein Science2026

Diversity of FAAL enzymes and prediction of their substrate specificity using FAALPred

Leandro de Mattos Pereira†; Anne Liong†; Pedro N. Leão. † Contribuição igual entre Leandro de Mattos Pereira e Anne Liong.

Publicado pela primeira vez em 21 de janeiro de 2026. Bioinformática e IA foram usadas na mineração de clusters biossintéticos contendo enzimas FAAL e no desenvolvimento do FAALPred para predição de especificidade de substratos. O trabalho computacional contou com infraestrutura do Google Cloud em projeto aprovado na 2ª edição do Concurso de Computação Avançada: Inteligência Artificial em Cloud (Google/FCT), com Leandro de Mattos Pereira como PI e Pedro N. Leão como co-PI.

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Imagem representativa do artigo sobre produção de biogás e microbiota em digestão anaeróbia
Renewable Energy2018

Biogas from slaughterhouse wastewater anaerobic digestion is driven by the archaeal family Methanobacteriaceae and bacterial families Porphyromonadaceae and Tissierellaceae

Camille E. Granada; Camila Hasan; Munique Marder; Odorico Konrad; Luciano K. Vargas; Luciane M.P. Passaglia; Adriana Giongo; Rafael R. de Oliveira; Leandro de Mattos Pereira; Fernanda de Jesus Trindade; Raul A. Sperotto.

Sequenciamento e análise bioinformática de comunidades microbianas para identificar famílias bacterianas e arqueanas associadas à produção de metano na digestão anaeróbia de efluente de frigorífico.

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Ilustração temática sobre microbioma de coral e estresse térmico
Science Advances 7(33):abg30882021

Coral microbiome manipulation elicits metabolic and genetic restructuring to mitigate heat stress and evade mortality

Santoro EP; Borges RM; Espinoza JL; Freire M; Pereira LDM; et al.; último autor: Peixoto RS.

Integração de abordagens de microbioma e expressão gênica para investigar reestruturação microbiana e metabólica em corais e apoiar estratégias de mitigação do estresse térmico.

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Ilustração temática sobre SARS-CoV-2, mutações e genômica
Scientific Reports2021

SARS-CoV-2 mutations in Brazil: from genomics to putative clinical conditions

L. F. S. M. Timmers; J. V. Peixoto; R. G. Ducati; J. F. R. Bachega; L. P. de Mattos; R. A. Caceres; F. Majolo; G. L. da Silva; M. I. Goettert; O. A. Dellagostin; J. A. P. Henriques; L. L. Xavier; S. Laufer.

Vigilância genômica e modelagem estrutural de proteínas virais para mapear mutações do SARS-CoV-2 no Brasil e investigar possíveis impactos clínicos, imunológicos e epidemiológicos.

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Ilustração temática sobre Angiostrongylus cantonensis e transcriptômica
Parasitology2021

De novo transcriptome reveals blood coagulation/antithrombin factors and infection mechanisms in Angiostrongylus cantonensis adult worms

Leandro de Mattos Pereira; Milene Pereira Guimarães de Jezuz; Amaranta Ramos Rangel; Bruna Dalcin Baldasso; Amanda Bungi Zaluskic; Carlos Graeff-Teixeira; Alessandra Loureiro Morassutti.

Montagem de novo e anotação de transcriptoma para investigar vias ligadas à coagulação, antitrombina e mecanismos de infecção em A. cantonensis.

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Ilustração temática sobre Bothrops jararaca, veneno e transcriptômica
J. Venom. Anim. Toxins incl. Trop. Dis. 262020

In-depth transcriptome reveals the potential biotechnological application of Bothrops jararaca venom gland

Leandro de Mattos Pereira; Elisa Alves Messias; Bruna Sorroche; Angela das Neves Oliveira; Lidia Maria Rebolho Batista Arantes; Ana Carolina de Carvalho; Anita Mitico Tanaka-Azevedo; Kathleen Grego; André Carvalho; Matias Melendez.

Análise transcriptômica profunda da glândula de veneno de Bothrops jararaca para descoberta de toxinas, isoformas e famílias de proteínas com potencial biotecnológico e farmacêutico.

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Ilustração temática sobre microbiota de moluscos e Angiostrongylus cantonensis
Parasitology Research 1192020

Mollusk microbiota shift during Angiostrongylus cantonensis infection in the freshwater snail Biomphalaria glabrata and the terrestrial slug Phillocaulis soleiformis

Leandro de Mattos Pereira†; Joana Borges Osório†; Alessandra Loureiro Morassutti; Jeremy Potriquet; Adriana Giongo; Renata Russo F. Cândido; Jason Mulvenna; Malcolm Jones; Carlos Graeff-Teixeira. † Contribuição igual entre Leandro de Mattos Pereira e Joana Borges Osório.

Perfilamento bioinformático de microbiota em hospedeiros intermediários para detectar mudanças associadas à infecção por A. cantonensis e investigar interações hospedeiro-parasito.

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Ilustração temática sobre Fusobacterium nucleatum, microbiota e câncer colorretal
Frontiers in Oncology2019

Microbiota Profile and Impact of Fusobacterium nucleatum in Colorectal Cancer Patients of Barretos Cancer Hospital

Ana Carolina de Carvalho; Leandro de Mattos Pereira; José Guilherme Datorre; Wellington dos Santos; Gustavo Noriz Berardinelli; Marcus de Medeiros Matsushita; Marco Antonio Oliveira; Ronilson Oliveira Durães; Denise Peixoto Guimarães; Rui Manuel Reis.

Análise integrada de microbiota e dados clínico-moleculares para avaliar Fusobacterium nucleatum e sua associação com características tumorais e desfechos em câncer colorretal.

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Ilustração temática sobre diversidade meiofaunal, solo e metabarcoding eucariótico
Forest Ecology and Management 4532019

Meiofaunal diversity in the Atlantic Forest soil: A quest for nematodes in a native reserve using eukaryotic metabarcoding analysis

Carla Müller; Leandro de Mattos Pereira; Carina Lopes; Juvenil Cares; Adriana Giongo; Luiz Gustavo dos Anjos Borges; Carlos Graeff-Teixeira; Alessandra Loureiro Morassutti.

Metabarcoding e bioinformática de alta vazão para caracterizar diversidade eucariota do solo, com foco em nematoides de uma reserva nativa da Mata Atlântica.

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Imagem representativa do artigo sobre mineração de potenciais alvos de fármacos em patógenos de plantas
PLOS ONE2018

Mining of potential drug targets through the identification of essential and analogous enzymes in the genomes of pathogens of Glycine max, Zea mays and Solanum lycopersicum

Rangeline Azevedo da Silva; Leandro de Mattos Pereira; Melise Chaves Silveira; Rodrigo Jardim; Antonio Basilio de Miranda.

Pipeline in silico de genômica comparativa para identificar enzimas essenciais não homólogas em patógenos de soja, milho e tomate, priorizando potenciais alvos para controle fitossanitário.

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Ilustração temática sobre comunidade microbiana de lodo de papel reciclado, celulases e xilanases
Waste and Biomass Valorization 8:1907–19172017

Recycled paper sludge microbial community as a potential source of cellulase and xylanase enzymes

Heinz KGH; Zanoni PRS; Oliveira RR; Medina-Silva R; Simão TLL; Trindade FJ; Pereira LM; et al.

Análise funcional de comunidade microbiana associada a lodo de papel reciclado para prospecção de enzimas celulase e xilanase com potencial de aplicação industrial.

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Destaque

FAALPred

Acessar FAALPred ↗

O FAALPred e o estudo publicado em 2026 na Protein Science integram um dos projetos científicos de referência associados à trajetória de Leandro de Mattos Pereira durante seu pós-doutorado no CIIMAR, desenvolvido no grupo Cyanobacterial Natural Products (CNP) ↗, sob a supervisão do Dr. Pedro N. Leão ↗, Investigador Principal, titular da ERA Chair em Biotecnologia Azul e Bioengenharia, líder do CNP e da Linha de Investigação em Biotecnologia Marinha do CIIMAR. Sua investigação concentra-se na química, biossíntese e ecologia química de produtos naturais de cianobactérias. O projeto combinou bioinformática, inteligência artificial e infraestrutura de computação em nuvem.

O trabalho computacional contou com infraestrutura do Google Cloud em projeto aprovado na 2ª edição do Concurso de Computação Avançada: Inteligência Artificial em Cloud (Google/FCT), com Leandro de Mattos Pereira como PI e Pedro N. Leão como co-PI.